Boniek, który był faworytem elekcji odbywającej się w trakcie walnego zebrania sprawozdawczo-wyborczego PZPN w Warszawie otrzymał 99 głosów. Za Wojciechowskim zagłosowało tylko 16 delegatów. Wiceprezesami związku zostali: Marek Koźmiński (wiceprezes do spraw szkoleniowych), Eugeniusz Nowak (wiceprezes do spraw organizacyjnych i finansowych), Andrzej Padewski (wiceprezes do spraw zagranicznych), Jan Bednarek (wiceprezes do spraw piłkarstwa amatorskiego) oraz Cezary Kulesza (wiceprezes do spraw piłkarstwa profesjonalnego).
W zarządzie znalazło się miejsce dla dwóch reprezentantów śląskiego środowiska piłkarskiego. W jego skład wybrani zostali prezes Śląskiego Związku Piłki Nożnej Henryk Kula oraz prezes GKS-u Katowice Wojciech Cygan. Ponadto członkami zarządu na kadencje 2016-2020 są: Radosław Michalski, Zdzisław Łazarczyk, Adam Kaźmierczak, Mirosław Malinowski, Zbigniew Bartnik, Paweł Wojtala, Ryszard Niemiec i Artur Kapelko. Na wniosek klubów Ekstraklasy i I ligi w skład zarządu weszli także Jakub Tabisz oraz Martyna Pajączek.
W trakcie zgromadzenia wybrano także skład komisji rewizyjnej, do której weszli: Krzysztof Malinowski, Robert Skowron, Jan Szczęsny, Michał Dołożenko, Jacek Czałpiński, Dariusz Machiński, Maciej Wandzel.