W puli pierwszej edycji  Pro Junior System, którego celem jest wspieranie szkolenia młodzieży, znalazło się 10 mln złotych. Trzy najlepsze kluby w Lotto Ekstraklasie w sumie otrzymały 3 mln, w Nice I lidze oraz w II lidze PZPN nagrodził po 5 najlepszych zespołów, odpowiednio kwotami: 4,5 oraz 2,5 mln. Zwłaszcza dla drużyn z I i II ligi gratyfikacje są realnym wsparciem rocznych budżetów.

Zakończony sezon 2016/17 był pierwszym, w którym obowiązywał system Pro Junior. W każdej drużynie punktowali piłkarze urodzeni w 1996 roku i młodsi. W nowym sezonie 2017/18, będą to młodzi gracze urodzeni w 1997 i młodsi. Każda minuta spędzona na murawie przez młodzieżowca to jeden punkt do klubowej klasyfikacji, ale dorobek wychowanków był punktowany podwójnie.

Aż 3 pkt. za jedną minutę doliczano za występy młodzieżowca w odpowiedniej kategorii wiekowej reprezentacji Polski, a w przypadku takiego występu w narodowych barwach przez wychowanka - punkty dla klubu były mnożone razy 4!

źródło: "Łączy nas piłka" PZPN.

Aby punkty młodzieżowca zostały zaliczone do ogólnej puli jego klubu, musiał on w trakcie całych rozgrywek spędzić na boisku co najmniej 270 minut i rozegrać co najmniej pięć spotkań w całym sezonie. Dodatkowo, aby klub "załapał" się na finansową gratyfikację od PZPN-u, musiał utrzymać się w swojej lidze.

W klasyfikacji PJS klubów ekstraklasy, na medalowych i nagrodzonych pozycjach zabrakło zarówno Piasta Gliwice, jak i Ruchu Chorzów. Wynik gliwiczan to niecałe 700 punktów, dzięki grze: Gojko, Dziczka oraz Krakowczyka i dopiero 11. miejsce w końcowej klasyfikacji. Jeszcze gorzej wypadli "Niebiescy" - dla których Walski, Bargiel i Słoma uzbierali zaledwie 164 pkt, co dało przedostatnią lokatę w PJS!

Za to w kategorii I ligi na nagrody finansowe "zasłużyły": GKS Tychy - II pozycja warta 1,1 mln złotych, Zagłębie Sosnowiec (4. miejsce) i nagroda 0,7 mln oraz Górnik Zabrze, który za 5. lokatę otrzymał pół miliona. Natomiast ostatnie, premiowane miejsce w klasyfikacji II ligi przypadło drużynie ROW-u 1964 Rybnik, co było równoznaczne z premią 250 tys. złotych.

Dla tyszan najwięcej punktów do klasyfikacji PJS zdobyli:  Mateusz Grzybek (4281) i Paweł Florek (2880), dla Zagłębia najlepiej punktowali: Arkadiusz Najemski (1963) i Mateusz Bartczak (1953), Górnikowi punktów przysporzyli głównie: Maciej Ambrosiewicz (1457) oraz Tomasz Loska (1350), a dla rybniczan najwięcej "oczek" uzbierali: Kamil Spratek (2856) i Sebastian Musiolik (2278).

I edycja "Pro Junior System":
Lotto Ekstraklasa  
1. Lech Poznań (8328 pkt) - 1,4 mln zł
2. Śląsk Wrocław (4998 pkt) - 1,0 mln zł
3. Zagłębie Lubin (2519 pkt) - 0,6 mln zł
Nice I liga  
1. Olimpia Grudziądz (9607 pkt) - 1,3 mln zł
2. GKS Tychy (8026 pkt) - 1,1 mln zł
3. Pogoń Siedlce (5767 pkt) - 0,9 mln zł
4. Zagłębie Sosnowiec (5681 pkt) - 0,7 mln zł
5. Górnik Zabrze (5287 pkt) - 0,5 mln zł
II liga  
1. Siarka Tarnobrzeg (17 058 pkt) - 0,75 mln zł
2. Stal Stalowa Wola (14 318 pkt) - 0,625 mln zł
3. Warta Poznań (14 004 pkt) - 0,5 mln zł
4. PGE GKS Bełchatów (11 291 pkt) - 0,375 mln zł
5. ROW 1964 Rybnik (11 018 pkt) - 0,25 mln zł

Szczegółowe klasyfikacje na stronie: 
https://www.laczynaspilka.pl/pro-junior-system,ekstraklasa,1.html